¿Es posible licenciar la patente en varios países de forma independiente?

Sí, la patente europea, una vez concedida, se valida en cada país designado, funcionando como un conjunto de patentes nacionales. Tienes libertad contractual para conceder licencias independientes por territorio (por ejemplo, a una empresa en Francia y a otra en Alemania). Cada licenciatario sólo puede explotar la patente en su región asignada y según las condiciones pactadas. Eso te da flexibilidad comercial para negociar royalties y exclusividad distintas en cada mercado. Debes inscribir las licencias en los registros nacionales correspondientes para plena eficacia frente a terceros.